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김문주 원장은 한약을 이용해, 중증 자폐 아동 중 30% 가량 정상범주로 회복되었다는 것을 국제학술지 프론티어스 인 뉴롤로지 (Frontiers in Neurology, IF 4.086)에 발표했다.
(논문명 : Integrative Treatment Program for the Treatment of Children with Autism Spectrum Disorder: A Prospective Observational Case Series)

김문주 원장은 그동안의 연구성과를 모아 <자폐와 아스퍼거치료를 위한 의하적 접근법>이라는 전문서적을 출판했다. 이 책은 3000여편의 논문을 리뷰하고, 150여 논문의 자료에 기반하여 작성된 서적이다.
이 책의 핵심 내용은 자폐는 선천적장애가 아니라 정상아동을 출생하여 점차 퇴행하는 후천적 장애이기에 대부분의 자폐는 조기에 치료하면 정상발달이 가능하다는 것을 논증하였다.
김문주 원장은 한약치료법을 기본으로 하여 미국의 생의학의 성과를 결합하여 자폐를 치료해낼수 있는 완성된 프로토콜을 발표하였다. 이를 Dr. Tomato Protocol 이라 한다.
이 내용은 자폐 치료 전문 웹사이트인 <autismkorea.co.kr> 와 유튜브 채널 <닥터 토마토>에서 찾아볼수 있다.

김문주 원장이 제시한 프로토콜은 이제 완성적인 단계에 도달하였다. 중증 자폐라도 만 5세 이전이라면 90% 이상의 아동들이 정상발달로 회복이 가능하다.
그리고 설혹 조기치료를 놓친다 해도, 기간이 오래 걸리긴 하지만 만 12세 이전이라면 70~80% 이상의 아동들이 정상범주로 회복이 가능한 것으로 추정하고 있다.
특히 자폐인 중 40%나 차지하는 무발화 자폐인들에게는 효과 있는 언어발달 치료법이 없었지만, Dr. Tomato Protocol 을 어릴적에 적용한다면 거의 대부분 정상적인 언어 능력을 회복할수 있다.
경증의 자폐스펙트럼장애인 아스퍼거증후군은, 아동기 뿐 아니라 성인기에 치료해도 정상범주로 회복 가능하다. 아스퍼거 치료율 성공률은 95% 이상으로 거의 대부분 치료 가능한다. 아스퍼거증후군은 뇌손상이 아주 경미한 수준에서 머물러 있기에 성인기라도 대부분 회복이 가능하다고 하다고 김문주 원장은 말한다.
